تأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ژنومی روش‌‌های پارامتری

Authors

جمال فیاضی دانشیار گروه علوم دامی دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

خبات خیرآبادی دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

رستم عبداللهی ارپناهی استادیار گروه علوم دام و طیور پردیس ابوریحان دانشگاه تهران

هدایت اله روشنفکر استاد گروه علوم دامی دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

Abstract:

افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ارزش‌‌های اصلاحی ژنومیک روش‌‌های پارامتری پرداخته است. بدین منظور، برای هر فرد ژنومی متشکل از 10000 نشانگر تک‌‌نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم (هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان) شبیه‌‌سازی شد. در این پژوهش توزیع‌‌های متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال یا گاما)، سطوح مختلف وراثت‌‌پذیری صفت (05/0، 25/0، 45/0 یا 65/0) و تعداد متفاوت جایگاه‌‌های ژنی (QTL؛ 100 یا 500) به عنوان فرضیات شبیه‌‌سازی در نظر گرفته شد. سپس در یک سناریوی انتخاب 10 یا 20 درصد نشانگرها به‌‌طور تصادفی انتخاب شدند؛ به‌‌طوریکه برای هر یک از جمعیت‌‌های موجود سه ماتریس نشانگری با ابعاد مختلف (همة نشانگرها، 10 یا 20 درصد نشانگرها) تعریف گردید. مطابق یافته‌‌های پژوهش حاضر، به‌‌طورکلی صحت ارزش‌‌های اصلاحی ژنومیک به ترتیب تحت اثر میزان وراثت‌‌پذیری صفت، فاصلة نسل از جمعیت مرجع، تراکم نشانگرها، توزیع و تعداد QTLها و مدل آماری قرار داشت (p < 0.001). به‌‌طوریکه در هر سه توزیع آثار ژنی و با هر فُرم ساختار نشانگری (کاهش یا عدم کاهش تراکم نشانگرها) مشاهده شد که در نتیجة کاهش وراثت‌‌پذیری صفت و یا افزایش فاصله از جمعیت مرجع میزان صحت پیش‌‌بینی‌‌ها به طور چشم‌‌گیری تقلیل یافت (p < 0.05). بررسی اثر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌‌بینی ژنومی صفات با معماری ژنتیکی متفاوت نشان داد که جز در مورد صفات با وراثت‌‌پذیری پائین (05/0) و تعداد زیاد QTL (500) با توزیع ژنی گاما، به‌‌طورکلی کاهش تراکم نشانگری به‌‌طور معنی‌‌داری منجر به اُفت صحت پیش‌‌بینی‌‌های ژنومیک روش‌‌های پارامتری خواهد شد (p < 0.05).

Upgrade to premium to download articles

Already have an account?login

similar resources

تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی

در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی ب...

full text

مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP

انتخاب ژنومی، روشی برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه‌سازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت ک...

full text

مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrblup

انتخاب ژنومی، روشی برای پیش بینی ارزش های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrblup بود. صفات با وراثت پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه سازی شد. ژنوم شبیه سازی شده دارای25 جفت ک...

full text

صحت انتخاب ژنومی روش‌های پارامتری و ناپارامتری با معماری‌های ژنتیکی افزایشی و غالبیت

In most genomic prediction studies only additive effects will be used in models for estimating genomic breeding values (GEBV). However, dominance genetic effects are an important source of variation for complex traits, considering them into account may improve the accuracy of GEBV. In the present study, performed applying simulated data, the effect of different heritability values (0.1...

full text

اثرات واریانس QTL بر صحت انتخاب ژنومی

full text

بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با جانهی داده ژنومی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی مختلف

هدف از این تحقیق ارزیابی مدلهای تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیشبینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاههای صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق ن...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}

Journal title

علوم دامی

volume 32 issue 122

pages 3- 16

publication date 2019-05-22

unfollow

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

چالش ابعاد کاهش نشانگرها صحت ارزیابی‌‌های ژنومیک معماری ژنتیک صفت

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com